A normál bélflóra szükséges a gyomor-bélrendszer egészséges működéséhez. A tápcsatorna mikrobióta összetételének megváltozása hasmenést okozhat. A hasmenés során kimosódó bélflóra visszarendeződése egy hónap, vagy ennél is hosszabb idő alatt következik be. Az antibiotikumok mikrobiómra gyakorolt kedvezőtlen hatása jól ismert. Számos hasmenéssel járó megbetegedést mégis antibakteriális hatású gyógyszerrel kell kezelni. Ha csak lehet ilyenkor széles spektrumú, fel nem szívódó, negatív hatásoktól mentes, az eubiosis helyreállását segítő antibiotikumot kell választani. Ilyen gyógyszer a rifaximin, amelynek antibakteriális hatásán túl egyre több, az egészséges diverzitású bélflóra kialakulását segítő non-antibakteriális hatását ismerjük. A legújabb irodalmi adatok szerint sikerrel használható az utazók hasmenésének, az irritábilis bélszindrómának, a vékonybél bakteriális kontaminációjának a kezelésére, de helye lehet a gyulladásos bélbetegségek és a rekurráló Clostridium difficile infekciók kezelésben is.