A központi idegrendszerben számos vírus, baktérium, gomba, protozoon vagy akár féreg képes infekciót okozni. A fertőzés klinikai megjelenését az időbeli lefolyás (akut, szubakut, krónikus) és a tudatzavar szintje (meningitis, meningoencephalitis, encephalitis) határozza meg, amely függ a mikroorganizmustól, a fertőzés lokalizációjától és kiterjedtségétől, a gazdaszervezet immunológiai állapotától. A központi idegrendszeri fertőzések sajátossága, hogy a gyulladásos folyamat a koponya, illetve a gerinccsatorna zárt terében zajlik. A következményes koponyaűri nyomásemelkedés agyi autoregulációs és oxigenizációs zavarhoz vezet, amely megfelelő kezelés nélkül vissza nem fordítható idegszöveti károsodást, akár halált is okozhat.